В настоящее время на территории Томской области постоянно проживает порядка 5000 этнических кыргызов, как граждан России, так и граждан Кыргызской Республики. Кыргызы заняты в самых различных сферах жизни города и области, среди них можно встретить представителей самых различных профессий — ученые, преподаватели, строители, бизнесмены, кулинары и т.д. Характерным для кыргызов является то, что основная их часть прибыла в Томскую область для получения высшего образования. После окончания ВУЗов, они остались в Томске и связали свою судьбу с Россией. Анализ состава томских кыргызов показывает, что большая их часть приехала в Томск в 80-е годы.

В сентябре 2002 года инициативная группа из нескольких человек провела собрание, на котором было принято решение о создании организации, которая бы объединила кыргызов и способствовала решению проблемы сохранения своей этничности, языка и культуры. Этому событию способствовал и тот факт, что большинство этих кыргызов в 80-е годы были активными участниками так называемых студенческих «землячеств» ВУЗов города.

В январе 2003 года эта инициативная группа в составе Рустама Абдуманапова, Вячеслава Абушахманова, Талипа Зулпукарова, Нуруллы Калыкахунова, Умета Момунова, Альберта Стамкулова, Алмаза Сулайманова и Талая Тилебалдиева провела собрание, на котором и было объявлено об учреждении Томской городской национально-культурной автономии «Кыргызстан». 25 февраля 2003 года Томская городская национально-культурная автономия «Кыргызстан» была зарегистрирована государственными органами.

Приоритетными для новообразованной автономии считались, и являются актуальными по сей день, задачи по сохранению национальной самобытности, развитию родного языка, культуры и образования, сохранению и обогащению исторического и культурного наследия предков, организация и проведение акций в сфере национальной культуры и искусства.

В настоящее время активными участниками жизни автономии являются около 100 человек. Каждый месяц собирается Совет автономии, который рассматривает и решает текущие вопросы жизнедеятельности. Кыргызская диаспора зарекомендовала себя как активная единица в семье братских национальных объединений Томской области. Налажены тесные связи как с органами власти и самоуправления, так и с представителями государственных органов Кыргызской Республики.

Руководящими органами Местная общественная организация национально-культурная автономия киргизов г. Томска являются Общее собрание автономии, Совет автономии и Председатель. Общее собрание автономии выполняет задачи высшего органа управления и принимает решения по всем вопросам деятельности автономии.

С момента образования, председателем ТГНКА «Кыргызстан» был избран Рустам Абдуманапов. В 2010 году председателем ТГНКА «Кыргызстан» был избран Талип Зулпукаров, сама организация стала именоваться как Местная общественная организация национально-культурная автономия киргизов г. Томска и Томской области. С 2019 года организация вновь сменила свое название на Местную общественную организацию национально-культурную автономию кыргызов г. Томска «Мекендештер (Соотечественники)».

Уже стало традицией то, что диаспора кыргызов г. Томска проводит в течение года несколько мероприятий, религиозного и светского характера. Каждый год в «Белой соборной мечети» г. Томска организуется празднование мусульманского дня жертвоприношения «Курбан айт». Ежегодно силами общины проводится мероприятие «Эль кудай» — «Общий молебен в честь мира и процветания».

МОО НКА кыргызов г. Томска, совместно с рядом томских диаспор, в числе зачинателей традиции празднования древнего земледельческого праздника «Новруз». Мероприятия, связанные с этим праздником стали теперь традицией и внесены в календарь значимых культурных мероприятий Томской области.

Томская диаспора кыргызов принимает активное участие и в ставшем уже ежегодным первомайском фестивале «Дружбы народов». Кыргызские музыканты и певцы выступают в итоговом гала-концерте этого фестиваля, кыргызы также принимают активное участие в организации традиционного для этого фестиваля народного шествия в национальных костюмах.

Каждый год, в конце августа, томская диаспора кыргызов организует праздничные мероприятия, связанные с Днем независимости Кыргызстана.

В январе 2010 года по инициативе МОО НКА кыргызов г. Томска, в Томске создан Совет аксакалов, в который входит 25 человек и которые сообща решают все возникающие вопросы по жизнедеятельности кыргызов Томска.

В июле 2010 года МОО НКА кыргызов г. Томска осуществила сбор средств для помощи пострадавшим в результате столкновений на юге Кыргызстана. Для пострадавших были организованы поставки продуктов питания.

В 2016 году был организован сбор средств для пострадавших от крушения самолета около аэропорта «Манас».

В период пандемии КОВИД-19 МОО НКА кыргызов г. Томска организовала сбор средств для приобретения и отправки в Кыргызстан медицинских приборов — пульсоксиметров, необходимых для лечения больных КОВИД. В этот период МОО НКА кыргызов г. Томска были организованы раздача продуктовых наборов для студентов томских ВУЗов из числа граждан Кыргызской Республики.

Каждый год МОО НКА кыргызов г. Томска проводит торжественное мероприятие «Шерине», которое посвящается Дню независимости Республики Кыргызстан.