В настоящее время на территории Томской области постоянно проживает порядка 5000 этнических кыргызов, как граждан России, так и граждан Кыргызской Республики. Кыргызы заняты в самых различных сферах жизни города и области, среди них можно встретить представителей самых различных профессий. Характерным для кыргызов является то, что основная их часть прибыла в Томскую область для получения высшего образования. После окончания ВУЗов, они остались в Томске и связали свою судьбу с Россией. Анализ состава томских кыргызов показывает, что большая их часть приехала в Томск в 80-е годы.

В сентябре 2002 года инициативная группа из нескольких человек провела собрание, на котором было принято решение о создании организации, которая бы объединила кыргызов и способствовала решению проблемы сохранения своей этничности, языка и культуры. Этому событию способствовал и тот факт, что большинство этих кыргызов в 80-е годы были активными участниками так называемых студенческих «землячеств ВУЗов города.

В январе 2003 года эта инициативная группа в составе Рустама Абдуманапова, Вячеслава Абушахманова, Талипа Зулпукарова, Нуруллы Калыкахунова, Умета Момунова, Альберта Стамкулова, Алмаза Сулайманова и Талая Тилебалдиева провела собрание, на котором и было объявлено об учреждении Томской городской национально-культурной автономии «Кыргызстан».
25 февраля 2003 года Томская городская национально-культурная автономия «Кыргызстан» была зарегистрирована государственными органами.

Приоритетными для новообразованной автономии считались, и являются актуальными по сей день, задачи по сохранению национальной самобытности, развитию родного языка, культуры и образования, сохранению и обогащению исторического и культурного наследия предков, организация и проведение акций в сфере национальной культуры и искусства.

В настоящее время активными участниками жизни автономии являются около 30 человек. Каждый месяц собирается Совет автономии, который рассматривает и решает текущие вопросы жизнедеятельности. Кыргызская диаспора зарекомендовала себя как активная единица в семье братских национальных объединений Томской области. Налажены тесные связи как с органами власти и самоуправления, так и с представителями государственных органов Кыргызской Республики.

Руководящими органами Местная общественная организация национально-культурная автономия киргизов г. Томска являются Общее собрание автономии, Совет автономии и Председатель. Общее собрание автономии выполняет задачи высшего органа управления и принимает решения по всем вопросам деятельности автономии. В состав Совета автономии входят Талип Зулпукаров, Нурулла Калыкахунов, Рустам Абдуманапов, Альберт Стамкулов и Талай Тилебалдиев. Ревизионный комитет составляют Вячеслав Абушахманов, Умет Момунов и Алмаз Сулайманов.

С момента образования, председателем ТГНКА «Кыргызстан» был избран Рустам Абдуманапов. В 2010 году председателем ТГНКА «Кыргызстан» был избран Талип Зулпукаров, сама организация стала именоваться как Местная общественная организация национально-культурная автономия киргизов г. Томска и Томской области.

Уже стало традицией то, что НКА киргизов г. Томска проводит в течение года несколько мероприятий, связанных с рядом религиозных и иных праздников. Представители кыргызской диаспоры каждый год в «Белой соборной мечети» г. Томска организуют празднование мусульманского дня жертвоприношения «Курбан айт», также раз в год проводится мероприятие «Эль кудай».

Несмотря на свою относительную «молодость», НКА киргизов г. Томска и Томской области, совместно с рядом томских диаспор, стала зачинателем традиции празднования древнего земледельческого праздника «Новруз». Мероприятия, связанные с этим праздником стали теперь традицией и внесены в календарь значимых культурных мероприятий Томской области.
Томская диаспора кыргызов принимает активное участие и в ставшем уже ежегодным первомайском фестивале «Дружбы народов». Кыргызские музыканты и певцы выступают в итоговом гала-концерте этого фестиваля, кыргызы также принимают активное участие в организации традиционного для этого фестиваля народного шествия в национальных костюмах.
Каждый год, в конце августа, томская диаспора кыргызов организует праздничные мероприятия, связанные с Днем независимости Кыргызстана.

В июле 2010 года НКА киргизов г. Томска и Томской области осуществила сбор средств для помощи пострадавшим в результате столкновений на юге Кыргызстана. Для пострадавших были организованы поставки продуктов питания.

В 2016 году был организован сбор средств для пострадавших от крушения самолета около аэропорта «Манас».